ऑल इंडिया मजलिस-ए-इत्तेहादुल मुस्लिमीन (एआईएमआईएम) के चीफ असदुद्दीन ओवैसी ने ज्ञानवापी मस्जिद को लेकर भारतीय पुरातात्विक सर्वेक्षण (एएसआई) की तरफ से तैयार रिपोर्ट पर सवाल उठाए हैं. उन्होंने एएसआई को हिंदुत्व के हाथों की कठपुतली करार दिया है. एएसआई रिपोर्ट में कहा गया कि ज्ञानवापी मस्जिद के निर्माण से पहले यहां एक विशाल मंदिर था और मस्जिद का निर्माण मंदिर के अवशेषों पर हुआ है.
एएसआई ने काशी विश्वनाथ मंदिर से सटी 17वीं सदी की मस्जिद वैज्ञानिक सर्वे किया, ताकि यह पता लगाया जा सके कि क्या इसका निर्माण किसी मंदिर की पहले से मौजूद संरचना के ऊपर किया गया था या नहीं. इस सर्वे की इजाजत अदालत ने दी थी. रिपोर्ट के आधार पर हिंदू पक्ष ने एक बार फिर से दावा किया है कि ज्ञानवापी मस्जिद वहां पहले से मौजूद एक पुराने मंदिर के अवशेषों पर बनाई गई थी. हालांकि, ओवैसी इससे सहमत होते हुए नजर नहीं आ रहे हैं.